Лимнологический институт СО РАН восстановил хронологию первой волны COVID-19 в мире и России

15.12.2020

Лимнологический институт СО РАН восстановил хронологию первой волны пандемии коронавируса (SARS-CoV-2) в мире и России. Об этом сообщает пресс-служба учреждения.

Реконструкцию истории эволюции и распространения вируса провели специалисты из лаборатории геносистематики ЛИН СО РАН, лаборатории природно-очаговых вирусных инфекций Иркутского научно-исследовательского противочумного института Роспотребнадзора, НИИ Био-медицинских технологий ИГМУ. Применялись вычислительные ресурсы Иркутского суперкомпьютерного центра СО РАН. В исследовании использовалась информация из международной базы данных GISAID. В анализе рассматривались данные по 319 полным вирусным геномам из России и 232 полным геномам из 20 различных стран мира, включая Китай.

Сравнение геномов вирусов показало, что первый случай заболевания новым коронавирусом SARS-CoV-2 в мире произошел в период с сентября по ноябрь 2019 года в Китае. После этот генотип вируса быстро распространился практически по всему миру. Начиная с середины и до конца января 2020 года вирус попал во все 20 рассматриваемых стран Азии, Африки, Северной и Латинской Америки, Россию и страны ближнего зарубежья. К концу февраля 2020 года в мире сформировалось множество очагов заболевания COVID-19, а генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2 достигло максимальных значений.

 



Изображение в полном размере – по ссылке.

– Наше исследование показывает, что в начальный период эпидемии COVID-19 ни Всемирная организация здравоохранения, ни правительства разных стран мира не смогли взять под контроль эпидемию и распространение заболевания. Мы наблюдаем картину, когда все особо важные решения по борьбе с пандемией во всех странах мира принимались постфактум с опозданием на полтора – два месяца. Та же Всемирная организация здравоохранения объявила об угрозе всемирной пандемии COVID-19 30 января 2020 года, когда пандемия фактически была в полном разгаре, – говорят ученые.

В Российской Федерации наблюдается два четко выраженных периода роста эффективного размера популяции SARS-CoV-2 (см. рис. 2). Первый период соответствует общемировой тенденции роста в период с начала февраля по начало марта 2020 года. Второй период наблюдался с начала по середину апреля 2020 года. Мы предполагаем, что второй подъем эффективного размера популяции связан с заносом новых генотипов россиянами, которые в этот период массово возвращались из-за границы. Карантинные меры по сдерживанию проникновения вируса извне путем содержания пребывающих на самоизоляции и в обсерваторах сработали только частично. Эффективный размер популяции – величина прямо пропорциональна количеству циркулирующих в популяции генотипов вируса (генетическое разнообразие).

Исследование показало, что скорость эволюции вируса SARS-CoV-2, равная в среднем 0.054% изменений в геноме за один год, меньше чем скорость эволюции таких вирусов, как вирус Зика (0.072%), вирус гепатита C (0.095%), вирус иммунодефицита человека тип 1 (0.135%), вирус кори (0.062%), вирус геморрагической лихорадки Эбола (0.132%), но больше чем у вирусов гриппа типа A (0.0014%). При такой скорости эволюции геном короновируса будет накапливать в среднем всего 1.4 мутационных замены за один месяц. Учитывая то, что распространение вируса по всему миру по данным геномного анализа произошло буквально за один месяц, а по официальным данным ВОЗ за два с половиной месяца, определить пути миграции и перехода вируса из одной страны в другую только по геномным данным за этот период времени без дополнительной информации о перемещении конкретных заболевших не представляется возможным.

Положительным следствием достаточно медленной скорости накопления замен в геноме вируса SARS-CoV-2 является то, что если разработанные вакцины покажут свою эффективность для профилактики заражения и (или) развития тяжелых форм заболевания, то частого обновления антигенного состава они не потребуют.



Изображение в полном размере – по ссылке.

Цифрами на оси времени обозначены ключевые события в развитии пандемии: 1 – 31.12.2019 Китай впервые сообщил о вспышке новой, неизвестной вирусной инфекции; 2 – 05.01.2020 в Китае расшифрован первый геном SARS-CoV-2, установлена биологическая природа заболевания; 3 –30.01.2020 ВОЗ объявила вспышку COVID-19 чрезвычайной ситуацией в области мирового здравоохранения; 4 – 11.03.2020 ВОЗ признала, что распространение COVID-19 приняло характер всемирной пандемии; 5 – 31.01.2020 первые два подтвержденных клинических случая COVID-19 на территории России; 6 – 07.03.2020 четыре новых случая COVID-19 у граждан России, вернувшихся из Италии (официальная дата начала эпидемии в России); 7 – 19.03.2020 в России происходит отмена массовых мероприятий и переход школ и вузов на дистанционный режим работы; 8 – 26.03.2020 в России прекращено авиасообщение с другими странами, за исключением чартерных авиарейсов для возвращения россиян.

-

Новости науки

Орнитологи и волонтёры займутся поиском чегравы в дельте Селенги

В дельте реки Селенга орнитологи и волонтёры займутся поиском чегравы – вида птиц, занесённого в Красные книги Российской Федерации и республики Бурятия. Об этом сообщает пресс-служба Байкальского заповедника.

 
«РУСАЛ ФестивAL #Наука» приедет в Иркутскую область

В мае 2022 года в Шелехове, Братске и Тайшете пройдет «РУСАЛ ФестивAL #Наука», который вернулся после двухлетнего перерыва «на карантин».

 
Окаменелость динозавра возрастом 125 миллионов лет обнаружили в Китае

В автономном районе Внутренняя Монголия в Северном Китае исследователи Музея естествознания Баяннура обнаружили окаменелость динозавра, который обитал примерно 125 миллионов лет тому назад. Окаменелость относительно хорошо сохранилась, сообщает Синьхуа.

 
Ученые ИСЗФ СО РАН проведут исследование взаимодействия нейтральной и ионизованной компонент атмосферы Земли

Коллектив ученых Института солнечно-земной физики СО РАН, в составе из десяти специалистов в разных областях физики атмосферы, имеющих многолетний опыт совместных исследований, выиграл конкурс Российского научного фонда.

 
Минобрнауки подтвердило контрольные цифры приема в аспирантуру ИНЦ СО РАН

Иркутскому научному центру СО РАН утвердили объем государственного финансирования в области подготовки аспирантов на 2023-2024 годы. Подтверждены четыре бюджетных места.

 

Сергей Шмидт - серия колонок

Видеосюжеты
Сергей Шмидт: Срок