С декабря 2018 года по март 2019 года Генеральная прокуратура Российской Федерации проводила комплексную проверку Федерального агентства по рыболовству и подведомственных учреждений. В начала марта был составлен акт проверки, в котором содержится перечень выявленных нарушений. По мнению Генеральной прокуратуры, нарушения совершались лицами, занимающими руководящие должности в агентстве, и причинили ущерб федеральному бюджету почти на 2 млрд. рублей